REFERENCES

Eckburg, P. B., E. M. Bik, C. N. Bernstein, E. Purdom, L. Dethlefsen, M. Sargent, S. R. Gill, K. E. Nelson, and D. A. Relman. 2005. Diversity of the human intestinal microbial flora. Science 308(5728):1635-1638.

Fouts, D. E., M. Torralba, K. E. Nelson, D. A. Brenner, and B. Schnabl. 2012. Bacterial translocation and changes in the intestinal microbiome in mouse models of liver disease. Journal of Hepatology 56(6):1283-1292.

Gill, S. R., M. Pop, R. T. Deboy, P. B. Eckburg, P. J. Turnbaugh, B. S. Samuel, J. I. Gordon, D. A. Relman, C. M. Fraser-Liggett, and K. E. Nelson. 2006. Metagenomic analysis of the human distal gut microbiome. Science 312(5778):1355-1359.

Human Microbiome Jumpstart Reference Strains Consortium. 2010. A catalog of reference genomes from the human microbiome. Science 328(5981):994-999.

Rusch, D. B., A. L. Halpern, G. Sutton, K. B. Heidelberg, S. Williamson, S. Yooseph, D. Wu, J. A. Eisen, J. M. Hoffman, K. Remington, K. Beeson, B. Tran, H. Smith, H. Baden-Tillson, C. Stewart, J. Thorpe, J. Freeman, C. Andrews-Pfannkoch, J. E. Venter, K. Li, S. Kravitz, J. F. Heidelberg, T. Utterback, Y. H. Rogers, L. I. Falcon, V. Souza, G. Bonilla-Rosso, L. E. Eguiarte, D. M. Karl, S. Sathyendranath, T. Platt, E. Bermingham, V. Gallardo, G. Tamayo-Castillo, M. R. Ferrari, R. L. Strausberg, K. Nealson, R. Friedman, M. Frazier, and J. C. Venter. 2007. The Sorcerer II Global Ocean Sampling Expedition: Northwest Atlantic through Eastern Tropical Pacific. PLoS Biology 5(3):e77.

Venter, J. C., K. Remington, J. F. Heidelberg, A. L. Halpern, D. Rusch, J. A. Eisen, D. Wu, I. Paulsen, K. E. Nelson, W. Nelson, D. E. Fouts, S. Levy, A. H. Knap, M. W. Lomas, K. Nealson, O. White, J. Peterson, J. Hoffman, R. Parsons, H. Baden-Tillson, C. Pfannkoch, Y. H. Rogers, and H. O. Smith. 2004. Environmental genome shotgun sequencing of the Sargasso Sea. Science 304(5667):66-74.

Wu, D., M. Wu, A. Halpern, D. B. Rusch, S. Yooseph, M. Frazier, J. C. Venter, and J. A. Eisen. 2011. Stalking the fourth domain in metagenomic data: Searching for, discovering, and interpreting novel, deep branches in marker gene phylogenetic trees. PLoS ONE 6(3):e18011.

Yan, A. W., D. E. Fouts, J. Brandl, P. Starkel, M. Torralba, E. Schott, H. Tsukamoto, K. E. Nelson, D. A. Brenner, and B. Schnabl. 2011. Enteric dysbiosis associated with a mouse model of alcoholic liver disease. Hepatology 53(1):96-105.

Yooseph, S., G. Sutton, D. B. Rusch, A. L. Halpern, S. J. Williamson, K. Remington, J. A. Eisen, K. B. Heidelberg, G. Manning, W. Li, L. Jaroszewski, P. Cieplak, C. S. Miller, H. Li, S. T. Mashiyama, M. P. Joachimiak, C. van Belle, J. M. Chandonia, D. A. Soergel, Y. Zhai, K. Natarajan, S. Lee, B. J. Raphael, V. Bafna, R. Friedman, S. E. Brenner, A. Godzik, D. Eisenberg, J. E. Dixon, S. S. Taylor, R. L. Strausberg, M. Frazier, and J. C. Venter. 2007. The Sorcerer II Global Ocean Sampling Expedition: Expanding the universe of protein families. PLoS Biology 5(3):e16.



The National Academies | 500 Fifth St. N.W. | Washington, D.C. 20001
Copyright © National Academy of Sciences. All rights reserved.
Terms of Use and Privacy Statement